La Struttura per la prevenzione antimafia ha il compito di prevenire e contrastare le infiltrazioni mafiose nell’affidamento e nell’esecuzione dei lavori e delle attività connesse per la ricostruzione pubblica e privata con contribuzione pubblica nei territori colpiti dagli eventi sismici del 2009 in Abruzzo, 2016 in Centro Italia, 2017 nell’isola di Ischia, 2018 nelle provincie di Campobasso e Catania.
La struttura svolge controlli antimafia anche sulle attività contrattuali per l'organizzazione e lo svolgimento dei Giochi olimpici e paralimpici invernali Milano-Cortina 2026